KSR PMI Unit UNNES memiliki struktur organisasi yang terdiri dari Pengurus Harian dan 7 bidang yang saling bekerja sama untuk menjalankan tugasnya. Berikut detailnya:
1. Pengurus Harian (PH)
Terdiri dari Ketua (Komandan), Wakil Ketua (Wakil Komandan), Sekretaris I, serta Bendahara yang bertugas mengurus UKM secara umum dan menjalankan roda organisasi sehari-hari.
2. Bidang Pendidikan dan Latihan Dasar (Diklat)
Mengurus kegiatan Pra Pendidikan dan Latihan Dasar (Pradiklatsar) dan Pendidikan dan Latihan Dasar (Diklatsar) UKM untuk memastikan anggota mendapatkan pelatihan yang sesuai dan meningkatkan keterampilan dasar yang dibutuhkan dalam menjalankan UKM KSR PMI Unit UNNES.
3. Bidang Hubungan Masyarakat (Humas)
Berfokus pada hubungan masyarakat baik internal maupun eksternal UKM dan publikasi di seluruh media sosial KSR PMI Unit UNNES. Selain itu, berkoordinasi dengan PMI Kota Semarang dalam kegiatan Satuan Tugas Penanganan Bencana (Satgana).
4. Bidang Pembinaan dan Pengembangan (Binbang)
Berfokus pada peningkatan kualitas anggota dan pengurus melalui pembinaan dan pengembangan kapasitas, termasuk mengurus delegasi pemateri dan pengawasan perwakilan lomba untuk meningkatkan kompetensi dan prestasi UKM KSR PMI Unit UNNES.
5. Bidang Sosial
Menyelenggarakan kegiatan kemanusiaan, seperti donor darah dan bakti sosial sebagai bentuk kontribusi sosial UKM kepada masyarakat. Selain itu, bertugas menjalin tali kasih di dalam internal KSR PMI Unit UNNES.
6. Bidang Logistik
Mendata dan mengelola inventaris peralatan UKM, memastikan semua peralatan tercatat dan terjaga untuk keperluan kegiatan yang akan datang.
7. Bidang Kesejahteraan
Bertanggung jawab dalam mengelola obat-obatan dan mempersiapkan satuan tugas (satgas) untuk berbagai kegiatan baik di dalam maupun di luar kampus.
8. Bidang Kesiapsiagaan
Bertugas mengelola kesejahteraan anggota dengan mengadakan kegiatan kebersamaan seperti kumpul antar anggota dan olahraga bersama (renang dan badminton).